Buenas MiG. A ver si te respondo de la manera más objetiva posible dentro de un campo tan personal y subjetivo como es este.
Todo es importante ya que todo suma, pero la base son el procesador, la ram y la gráfica. Veamos:
1.- AMD o INTEL?????
Indiferente. Esto tienes que mirar tu y hacer un balanceo entre numero de cores y subprocesos/hilos, velocidad de los mismos, memoria cache, y sobre todo, el precio. Ten en cuenta que los de gama media suelen ser los que mejor ratio de rendimiento por tiempo de vida sacan. Por ejemplo, si te compras el más alto de la gama puedes estar 5 años hasta renovarlo y si te compras uno medio 4, y la diferencia de precio entre los dos no justifica ese año ni de coña; a no ser que seas un exprime-máquinas profesional (creo que no es el caso). Los simuladores (y juegos de alta gama en general) suelen ser muy exigentes al respecto, pero esta es una decisión que debes tu tomar. Yo me tiraría a por un intel i7 (de los de sobremesa, eh, no portátiles

)
2.- ejemplos de placa base (marca y módelo) para tener referencia
Depende de tu elección en el punto 1. A mi NO me gustan las ASUS (siempre me han dado problemas) y me encantan las Gigabyte (misiles alienígenas). Es probable que loto diga lo contrario respecto a las ASUS. Sobre gustos...
3.- ejemplos de procesador (marca y modelo) para tener referencia, acorde con las placas bases anteriores.
Ver punto 1 y argumentación punto 2

La placa es consecuencia del procesador elegido y no al revés.
4.- ejemplos de torre (marca y modelo) para tener referencia
Yo tengo una NZXT desde hace años, aunque las Zalman, Thermaltake y demás tienen modelos la mar de majos. He cambiado varias veces los componentes (placa, etc) y sigo con la misma. En lo que te tienes que fijar es:
Tamaño. En especial las gráficas son ahora super largas y es importante poder pasar todo el cableado con holgura, poder meterle 3 o 4 discos duros, etc.
Refrigeración. Si no quieres tener problemas, mírate que traiga una buena cantidad de ventiladores, o bien un par grandotes. Pídele al vendedor si hace falta una prueba de ruido, ya que vas a tener que pasar horas en la misma habitación, y sería muy malo lamentarse después. Para cambiar la torre tienes que desmontar TODOS los componentes así que si no eres fan de la pc-brico-manía te sugiero que te la mires bien.
Fuente: Potencia y cantidad de cables. Para ello es IMPRESCINDIBLE que mires primero las necesidades de la gráfica al respecto o puedes tener que cambiar la fuente de alimentación por no dar la talla (la Nvidia 260GTX2 mía exige dos conectores de corriente pci-e de 6 pines adicionales directos desde la fuente, muchas fuentes vienen solo con 1).
5.- ejemplos de fuente de alimentación (marca y módelo) para tener referencia
Ver punto 4. Una vez tuve una "be quiet" de la que estuve muy contento hasta que se murió la pobre. Fuma en la habitación del ordenador y caerá en picado su tiempo de vida medio.
6.- ejemplos de memoria Ram (marca y módelo), así como cual sería la cantidad de ella suficiente, para tener referencia
4 Gigas, no metas menos. Lo importante es que sea de marca, Kingston, Corsair, OCZ... El tipo (DDR2 o DDR3 y su velocidad) dependeran de la placa base que hayas elegido.
7.- ATI o NVIDIA?????
Nvidia. Pese a que ATI es más abierta, tiene mejor precio y prestaciones similares aún va un paso por detrás en lo que a controladores se refiere, y afecta muy negativamente a los simuladores de ED.
8.- ejemplos de tarjeta gráfica (marca y módelo) para tener referencia
¿Cuánto estas dispuesto a gastarte? Menos de una 260GTX ya no te pilles, ah! y que tenga mínimo 1 Giga RAM.
9.- podría utilizar mis dos unidades lectoras grabadoras de CD/DVD, o tendría que utilizar otras nuevas??
Claro que puedes usarla, el CD/DVD son estándar.
10.- ejemplos de disco duro (marca y módelo) para tener referencia
Lo normal suele ser cogerse uno tipo SATA de 1TB de 7200 rpm. No creo que necesites uno de 10.000 Seagate o Western Digital. Mira precios.
11.- podría utilizar mi actual disco duro como esclavo, del nuevo que instalaria???
Claro, solo necesitas el espacio, los cables y no deshabilitarlo en la BIOS de la nueva placa. Vigila a ver cual de los dos pones como primario. Lo normal en estos casos suele ser formatear el segundo disco ya que solía tener un windows en el

Así tienes más espacio solo para datos.
12.- también quizás instalaria una unidad lectora de tarjetas de memoria.
Algunas vienen ya con la torre. Valen nada y menos.
13.- sistema operativo.... seguir con XP o pasarme ya al windows 7???
Windows 7 y de 64 bits, el XP es un paso atrás.
Acuérdate de comprar bridas para atar los cables, sigue el orden de instalación de componentes que suele venir en las instrucciones de la placa base, y SOBRETODO ves con mucho cuidado al echarle la pasta térmica al procesador, debe quedar una película fina, uniforme y sin huecos. Lo importante es que NO toque metal del procesador con metal del disipador.
Saludos!
PD: Si fuese rico me cogería este
http://www.dell.com/us/en/home/desktops ... =dhs&cs=19